滇池高背鲫种质特征基因分子鉴定技术规程总结

一、标准概述

DB53/T 1370-2025《滇池高背鲫种质特征基因分子鉴定技术规程》是由云南大学提出，云南省农业标准化技术委员会归口的云南省地方标准。该标准规定了滇池高背鲫(Carassius auratus)种质特征基因分子鉴定的技术方法，包括鉴定原理、流程、种质特征鉴定与判定等内容。

二、适用范围

本文件适用于滇池高背鲫种质的分子鉴定工作。

三、主要技术内容

1. 鉴定原理

基于遗传学和生物信息学技术，通过分析物种基因组大小及特征进行物种鉴定。主要技术路线包括：

• 流式细胞术测定基因组大小
• 高通量测序技术获取基因组数据
• 基因组组装与注释
• 基因组特征比较分析

2. 鉴定流程

完整的鉴定流程如下图所示：

具体包括以下步骤：

1. ​​样本采集​​

   • 采集范围：血液、成体组织(胸鳍、腹鳍等16种组织)、胚胎(7个发育阶段)
   • 采集要求：需采集雌雄个体，符合HJ 628及GB/T 35892要求

2. ​​流式细胞术实验​​

   • 试剂配制：包括PBS缓冲液、PI染液等
   • 血液样品制备：采用尾部采血法
   • PI染色：使用草金鱼或鸡血细胞作为对照
   • 流式检测与分析：通过flowjo等软件分析FCS数据

3. ​​核酸提取及测定​​

   • DNA提取：采用苯酚/氯仿抽提法
   • RNA提取：使用TRIzol法
   • 含量测定：使用NanoDrop测定纯度(A260/A280比值要求DNA:1.8-2.0，RNA:2.0-2.2)

4. ​​文库构建及测序​​

   • 文库构建：包括DNA片段化、末端修复、接头连接等7个步骤
   • 上机测序：详细描述了Illumina测序平台的测序原理和流程

5. ​​基因组水平鉴定​​

   • 基因组组装：从Contigs到Scaffold再到染色体水平的组装
   • 质量评估：包括保守性基因评估、序列一致性评估(要求比对率≥95%)
   • 基因组注释：进行结构注释和功能注释

3. 种质特征鉴定与判定

• 鉴定过程：与四倍体鲫鱼基因组进行比较鉴定
• 判定标准：基因组大小为2.4G~2.6G，且基因组结构符合滇池高背鲫特征

四、附录内容

附录A：生物学特征

• ​​学名​​：滇池高背鲫(Carassius auratus)
• ​​分类地位​​：鲤科鲫属鱼类
• ​​生物学特征​​：
  • 外部形态：银灰色，体高，头正前位，背部较深
  • 可数可量性状：鳃耙数41-53，侧线鳞28-30片等

附录B：流式细胞术实验流程

• 详细提供了PBS和PI染液的配方
• 血液样品制备的具体方法
• PI染色和流式检测的详细步骤
• 数据分析方法和标准

附录C：核酸提取方法

• 提供了STE、TE等缓冲液的配方
• 总DNA和总RNA提取的详细步骤
• 特殊样本(胚胎)的处理方法

五、规范性引用文件

• GB/T 18654.3 养殖鱼类种质检验第3部分:性状测定
• GB/T 35892 实验动物福利伦理审查指南
• HJ 628 生物遗传资源采集技术规范(试行)

六、术语定义

标准中明确定义了"分子鉴定"、"基因组"等专业术语，以及DNA、HI-C、PBS等缩略语的含义。

七、主要起草单位及人员

由云南大学、云南省标准化研究院共同起草，主要起草人包括罗静、项晴雪等12位专家。